江南醫廬“杏林堂”中不起眼的女學徒艾子衿因一樁命案牽扯進東林黨漩渦中。東林黨人喬之甦為得名冊而入府臺唐府。艾子衿驚覺喬之甦乃多年前已死的丈夫。多年前，喬府當家喬老太爺為御醫之首，卻卷入紅丸案，受冤下獄。
喬之甦與艾子衿相逢不相認，更因當年冤枉對艾子衿怨恨頗深，直至江南瘟疫爆發，二人共同入疫區救人，方才誤會冰釋。艾子衿恩師林德伊染疫病，臨終前吐露紅丸秘事。后喬之甦找到藥方，卻因為無藥可用，情急之下，送艾子衿出城尋藥。
艾子衿初戀**沈斯受帝命南巡至此，將艾子衿帶回京城，幸喬之甦師妹孫九妹及時送來草藥才解了一城毒疫。
喬之甦發覺有人利用紅丸控制無辜百姓，為尋真相前往京城，被信王推薦